Su origen se remonta al siglo XVI, cuando se erige como Capilla del Hospital de la Santa Misericordia, perteneciente a las monjas de la Orden Tercera Franciscana. Esta Iglesia llevaba la advocación de Santa Isabel. Desde esa época se venera en la misma la Imagen del Santísimo Cristo de la Misericordia, Patrón de Jódar. En 1700 se comienza la construcción del actual edificio sobre un convento a medio construir cedido por el marqués, bendecida la ermita una década después prosiguen las obras con la construcción de un camarín y otras en 1759 con la ejecución de la magnífica media naranja ocúpula con talla en yeso de estilo barroco. Ha sufrido importantes reformas a lo largo de los siglos, como la de 1880 o la de 1903 en que se construyó su actual Camarín.

Sin embargo la obra más importante fue la de 1966 a 1968, dejando a la Iglesia con su actual aspecto. Tiene un Retablo Mayor en estilo neorrenacentista de Bravo Nogales (1956) y una pila bautismal en mármol de 1616, así como una vidriera del siglo XIX, conservando obras pictoricas de los siglos XVIII y XIX. La Imagen del Cristo está atribuida a los Imagineros valencianos Rausell y Llorens (1944). Hace pocos años el templo sufrió una profunda restauración que puso en valor su historia y patrimonio, incorporando nuevas piezas artísticas como la de Nuestra Señora del Rosario y de la Aurora del siglo XVII.

Junto a esta Iglesia se levanta el magnífico edificio del Centro Parroquial, construido con aportaciones de toda la ciudad, desde 1985 a 2005.